经济体制的重大变革使中国的社会经济发生了翻天覆地的巨大变化，世界为之震惊。改革开放30年来，中国教育为适应经济社会发展的需要，与时俱进地进行了教育体制改革的不懈探索。
基础教育逐步转向义务教育政府办
2001年7月19日下午，正在安徽阜阳考察税费改革试点工作的国务院总理朱镕基专程来到颍上县十八里铺乡宋洋小学。
有着30多年历史的宋洋小学是一所村中心小学，现有学生508人，在职教师13人。望着教室里几十张破旧的课桌，朱镕基问校长王伟：“怎么没有凳子？”王伟解释：“为了节省经费，凳子都是学生自己带。现在放假了，学生就把凳子带回家了。”
“这些课桌有多少年历史了？”朱镕基问。
“20年。”
“20年都没有换过吗？”
“没有。”
“这个学校在县里是什么水平？”
“中等。”
朱镕基沉默良久，摸着斑驳的桌面感慨地说：“很艰难啊！”
考察后，朱镕基在宋洋小学召开农村基础教育座谈会，听取乡镇干部和中小学教师对义务教育的意见和建议。
通过和乡镇干部、中小学校长的一番对话，朱镕基感慨万千：“感谢大家让我了解到了真实情况。任何一个国家，义务教育都是政府的责任，我国也不能例外”，“义务教育事关中华民族的复兴，绝不能削弱！”
正如饭需要一口一口地吃，路需要一步一步地走。任何事物的发展都是在一定历史条件下进行的。中国义务教育体制适应基本国情经历了艰难曲折的探索。
基础教育管理体制的第一次变革：调动地方积极性，依靠人民群众办教育。新中国成立以后，基础教育事业有了很大发展。但一直到改革开放以前，中国曾提出过发展意义上的“普及教育”的概念，但并没有使用法律意义上的“义务教育”概念。1985年《中共中央关于教育体制改革的决定》提出“实行九年制义务教育”，次年，《中华人民共和国义务教育法》正式颁布实施。
普及九年义务教育的宏伟目标提出之后，艰巨的任务与中央政府当时无法包办之间的矛盾就凸显出来。为此，从实际国情出发，《决定》进一步提出，“实行基础教育由地方负责、分级管理的原则，是发展我国教育事业、改革我国教育体制的基础一环”，“把发展基础教育的责任交给地方”，“基础教育管理权属于地方”。《决定》还要求，“为了保证地方发展教育事业，除了国家拨款以外，地方机动财力中应有适当比例用于教育，乡财政收入应主要用于教育”，“地方可以征收教育费附加”，“在自愿的基础上，鼓励单位、集体和个人捐资助学”。基础教育实行地方负责、分级管理的体制，改变了中央过于集权的体制，极大地调动了地方政府和人民群众（主要是农民）的办学积极性，为在当时艰难的条件下实现“两基”目标提供了体制保障和社会支持。
从20世纪80年代的《中共中央关于教育体制改革的决定》到90年代的《中国教育改革和发展纲要》，中央文件中并未出现“人民教育人民办”的提法，所谓“人民教育人民办”只是在基层实践经验的基础上，人们对人民群众主要是广大农民积极支持和热情参与义务教育的实际行动的一种概括，也是当时亿万人民对中国基础教育所作的重要创举和巨大贡献。山东平度等许多地方在普及义务教育方面所作的积极探索是当时“人民教育人民办”的突出典型。20世纪80年代，平度教育以率先创立“人民教育基金”，实施基础教育、职业教育、成人教育三教统筹，“经（农）科教结合”而闻名全国。1987年、1988年，全国和山东省先后在平度召开了农村教育为当地经济建设服务经验交流会和现场会，将这一创新性的实践经验向全国推广，为基础教育的发展确立了榜样和标杆，也为中国基础教育改革决策的出台提供了实践探索方面的宝贵经验。
依靠地方和人民群众办基础教育的体制，调动了各地办学的积极性，也促进和加快了各地基础教育特别是义务教育的发展进程。但由于中国区域之间经济社会发展的不平衡和明显存在的城乡二元结构，各地发展基础教育的财政能力存在巨大差距，这也就导致了在普遍发展基础上的区域之间、城乡之间基础教育差距的扩大。
为了确保中国义务教育的基本普及，中央和地方各级政府采取多种有力措施，向弱势地区和弱势人群倾斜。普及九年义务教育的难点被锁定在贫困地区、贫困农村和贫困家庭，这些也因此成为政府努力的重点。“九五”和“十五”期间，为促进中西部地区普及九年义务教育，国家实施第一期和第二期“贫困地区义务教育工程”，使全国范围内的义务教育发展最大限度地减小了差距，减少了不均衡现象。
在此期间，听从党中央、国务院的号召，中国城乡的广大人民配合政府也做了大量推进“两基”的艰苦工作，特别是在广大的农村地区，人民群众有钱的掏钱、有力的出力、有物的捐物，在广大的乡间盖起了一所所新学校，使中国在20世纪末基本实现“两基”的目标得以达成。在中西部贫困地区的许多地方，当地最好的房子是学校，学校里也大多竖立了在建校中捐款出力的人名碑，老百姓深情地说，这是政府与百姓携手共建的一座座丰碑，是我国的基础教育得以充分发展的基础。
基础教育管理体制的第二次变革：实行义务教育政府办。中央政府行为力度的加大，极大地促进了中国基础教育的发展特别是义务教育的普及。2000年中国如期实现了基本普及九年义务教育的基本任务。但是，在广大农村、边疆和少数民族地区的义务教育发展中却仍然存在困境和诸多实际的问题。
2000年3月，国务院决定在安徽省开展农村税费改革试点，探索建立规范的农村税费制度和从根本上减轻农民负担的办法，从而揭开了农村税费改革的序幕。农村税费要改革，要减免，要减轻农民负担，那么改革后的农村义务教育经费如何保障？
2001年，国务院召开全国基础教育工作会议，对农村义务教育管理体制进行了重大改革，明确了农村义务教育“实行在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理、以县为主的体制”，并要求中央和各级政府要加大财政转移支付力度。“以县为主”的管理体制从总体上促进了中国农村义务教育的发展，应该继续坚持和落实，同时也应该得到进一步的完善和发展，特别是不能被错误地理解为教育投入仅以县为主。“管理以县为主，投入分级负担”，强调提供公共服务的各级政府对九年义务教育的责任，明确各级政府发展义务教育的财政责任。鉴于今天中国区域之间、城乡之间经济社会发展的巨大不平衡性和差异性，强调这一原则就更具现实意义。
实行免费义务教育：建立义务教育经费保障新机制。2005年11月28日，温家宝在联合国教科文组织第五届全民教育高层会议上的致词中向世界庄严宣布：“教育公平是全民教育的灵魂。没有教育机会的均等，就谈不上社会公平……从明年开始，中国将用两年时间在农村全面免除义务教育阶段的学杂费。”中国免费义务教育的序幕由此拉开。
2005年12月24日，《国务院关于深化农村义务教育经费保障机制改革的通知》，对农村义务教育经费保障机制作出了明确规定和重大调整。《通知》提出，按照“明确各级责任、中央地方共担、加大财政投入、提高保障水平、分步组织实施”的基本原则，逐步将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障机制。中央重点支持中西部地区，适当兼顾东部部分困难地区。在2006年春节前后，中国西部农村的学龄儿童都得到了一张类似于新年贺卡的卡片，拿着它上学可以不再交学费、杂费和书本费，这是中国政府送给西部广大地区的农村孩子最好的新年礼物，也是中国政府排除万难，提前数年，第一次兑现《中华人民共和国宪法》的承诺。
2006年6月29日，全国人大常委会通过了新修订的《中华人民共和国义务教育法》。该法规定：“实施义务教育，不收学费、杂费。国家建立义务教育经费保障机制，保证义务教育制度实施。”它标志着实施免费义务教育已经上升为国家意志，被海内外广泛誉为“中国教育发展史上的重要里程碑”。这也标志着中国义务教育实现了由“人民教育人民办”到“义务教育政府办”的重大历史性转变。
高等教育打破部门办学管理体制
20世纪90年代，随着中国社会主义市场经济体制的建立，政府管理经济和企业的职能已发生重大变化，由直接管理为主逐渐转向间接管理为主，由微观管理为主转向宏观管理为主，国有企业也下放或转制到地方。在这一社会发展的背景下，高等学校的管理仍然过于集中。时任国务院副总理李岚清在其教育访谈录中对当时中国高等教育管理体制存在的问题曾有形象的阐述：
在改革前，我国的高等教育基本格局是中央一套，地方一套，低水平重复建设。中央部委的院校办学是面向全国、面向行业的，地方需要人才不能从那里得到满足，地方就要自己办一套。而中央所属高校也是分别由各部委办的，后来有不少地方的行业行政管理部门（厅、局）也办了高校。此后，有的地方就形成“你有什么，我也有什么”，与中央部门所属院校和专业设置更加重复。我曾形象地描绘当时高等教育资源被分割的局面，就好像一块蛋糕，先被横切，再被竖切，左切右切，最后被切成蛋糕屑了。中央部委所属的高等院校虽然历史较长、基础较牢，但由于数量太多，经费有限，主管部门鞭长莫及，高校发展步履维艰。改革前中央部委所属院校共有571所，仅机械部一个部就有25所。当时有的部委直属高校的同志无奈地说，我们出身于“多子女家庭”，一碗饭得大家分着吃，只能熬苦日子。而地方所属高等院校的总体情况是办学历史较短、基础相对较差。尽管与中央所属院校的许多专业是重复的，但因为它们是地方的“亲儿子”，地方也得竭尽全力地予以支持，形成了一个大家都陷入低水平重复建设的困境。
李岚清在其教育访谈录中的这段描述，真实准确地概括和反映了当时中国高等教育发展的状况和管理体制存在的弊端。
高等教育管理体制改革的艰难历程。高等教育管理体制改革是中国高等教育改革的重点，也是难点。时任国务院副总理、直接主管教育工作的李岚清对此给予了高度重视和大力推动。1994年、1995年和1996年国务院办公厅分别召开了三次高教管理体制改革座谈会，在改革实践的基础上认真总结了以往的经验，明确了改革思路。1998年，高教管理体制改革经验交流会召开，提出了“共建、调整、合作、合并”的“八字方针”。之后，在中央政府领导下，以1998年国务院机构调整为契机，教育部、财政部、国家计委等有关部委在各地的配合下，对国务院部门（单位）所属院校集中进行了三次大的调整，在一定程度上解决了部门办学的体制问题。
一是抓住1998年政府机构改革之机，国务院作出《关于调整撤并部门所属学校管理体制的决定》，首先对撤销的国务院9个部委所属的93所普通高校、72所成人高校以及许多中专和技校的管理体制进行了调整，其中的81所普通高校实行中央与地方共建，以地方管理为主。二是在1999年初，又对5个军工总公司所属的25所普通高校、34所成人高校以及几百所中专和技校的管理体制作了调整和改革。三是随后在总结经验的基础上，国务院又作出《关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》，对国务院机构改革后的50个部委和单位所属高校的管理体制及布局结构进行了调整和改革。此外，在教育部受国务院委托管理的72所高校中，也已经有34所与地方实行了共建。
这一前所未有的大规模改革前后总共经历了近十年的时间，基本上完成了新中国历史上最大的一次高等教育宏观管理体制改革和布局调整。尽管其间遇到了很多难题，但都一一适当地化解了，平稳地过渡到新的管理体制之中，从而形成了中央和地方政府两级管理、分工负责，在国家政策指导下以省级政府统筹为主的新体制。除少数关系国家发展全局的高校以及行业的特殊性强、地方政府不便管理的高校继续由国务院委托教育部和其他少数部委管理外，多数高校均由地方管理或以地方为主管理。原来国务院有关部门直接管理的367所普通高校，改革后只剩下111所（2007年前后又有了进一步的调整），其他大多数高校实行了省级政府管理、地方与中央共建的体制。从权限变动到同心共建是这次高校管理体制改革的关键点，意在变“条块分割”为“条块有机结合”。部分原本就是省属的高校（如郑州大学、山西大学等），在隶属关系不变的情况下，也实行了与教育部共建。中央和地方共建一批学校，保持了稳定，同时也较好地解决了中国高等教育发展所面临的各种矛盾与困境。
高校管理体制改革要解决的第二个问题是中央与地方的关系。在这方面，中国于2000年迈出了决定性的一步，实行了两个重要的新政策：一是把高职学校的审批权下放给省级政府。以前所有高校都要由教育部审批。尽管此前曾有将研究生以下的学历教育下放给省级地方的动议，但很快就被否定了。二是把相应专科层次的招生计划权下放到省，中央只管本科。教育部与国家发改委反复磋商，最后取得一致意见。这是从实际出发和思想解放的结果，也是中国高校管理体制改革的重大突破。这两个权力的下放，扩大了省级政府的统筹决策权。
在世纪之交的高等教育管理体制改革中，高校的合并成为最易为社会和百姓所感知的一件大事。20世纪90年代初期，一些地方按优势互补的原则对当地高校的布局结构进行了调整，出现了南昌大学、上海大学、扬州大学、广西大学、延边大学等由多所高校合并重组办学的典型。在时任国务院副总理李岚清倡导下，浙江大学被选定为高水平大学进行合并办学的试点。1998年，原浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学合并组建为新浙江大学，成为中国高校中的第一艘“航空母舰”。
世纪之交，全国共有556所高等学校（普通高等学校387所、成人高等学校169所）经合并调整为232所高等学校（普通高等学校212所、成人高等学校20所），净减324所。通过合并，一些地区高校重复设置、单科性院校过多、办学规模过小的状况得到明显改善，高校布局结构调整出现好势头。整个体制改革和布局结构调整的过程波澜壮阔而又相对平稳顺利。
高等教育体制改革的突破性进展。20世纪90年代以来，高等教育管理体制改革的主要形式包括共建、调整、合作、合并四种形式。改革的主要内容包括：改革部门办学管理体制，淡化和改变单一隶属关系，解决“条块分割”问题，变“条块分割”为“条块有机结合”；正确处理中央与地方的关系，扩大省级政府统筹权；正确处理中央教育行政部门和中央各业务部门的关系；改善和加强中央政府宏观管理的手段；在一定程度上扩大高等学校的办学自主权。
与此同时，高等教育为适应市场经济发展所作的其他各项改革也取得突破性进展。例如，高校毕业生就业制度的改革已经取得历史性突破，打破了过去“包分配”和“包当干部”的传统模式，经过供需见面、双向选择、自主择业等阶段，初步建立起了“市场导向、政府调控、学校推荐、学生与用人单位双向选择”的新机制。当然，这些积极的探索仍在不断地调整和完善之中。
在这一时期，以高等教育管理体制和机制改革为开端的高教改革不断深化。中国高校在宏观管理体制方面形成了中央和省两级管理、以省为主管理的新体制，成功组建了一批学科齐全、人才会聚的综合性大学；在办学体制方面，民办高校从无到有、迅速发展，公办高校和民办高校共同发展的办学格局初步形成；在投入体制方面，加大政府投入，形成了以政府投入为主的多元化投入体制；在招生和就业制度方面，有利于选拔优秀人才、实施素质教育的高校招生考试制度在探索中不断完善，积极推进“市场导向、政府调控、学校推荐、双向选择”的毕业生就业制度建设；在学校内部管理体制方面，人事和分配制度改革取得进展，激励机制、竞争机制和流动机制不断完善，后勤社会化普遍推行。这些改革大大增强了高等教育的发展活力，也为推动中国社会事业改革积累了经验。由于教育工作的制约因素众多，也使一些改革相对迟缓。例如扩大高等学校办学自主权问题，处理好高校逐渐加大的行政化倾向等问题，在1985年的《中共中央关于教育体制改革的决定》中就曾提出过，但由于条件和时机均不成熟，社会诚信体系等相关配套环境仍不具备或不够具备，所以很难有全局性的体制突破和标志性的进展。这些改革目标的实现寄希望于继续不懈的改革之中。
